Asuna là một học sinh tiểu học. Sau cái chết của cha mình, cô bé buộc phải trưởng thành sớm hơn các bạn cùng trang lứa vì mẹ Asuna là y tá, thường xuyên trực dài ngày tại bệnh viện. Asuna trải qua những ngày của mình trong một hang động trong núi, lắng nghe thứ âm nhạc kì lạ phát ra từ thỏi pha lê cha mình để lại và cho một sinh vật giống mèo mà Asuna gọi là Mimi.

Một ngày nọ, khi băng qua cầu, Asuna bị một sinh vật lạ đột kích và được một thanh niên lạ mặt cứu giúp. Cậu ta xưng tên là Shun, đến từ vùng đất Agartha. Asuna băng bó vết thương cho Shun và kể cho cậu nghe về thứ âm nhạc mà radio của cô bé bắt được. Cuộc gặp gỡ ngắn ngủi của Asuna và Shun chấm dứt khi Shun chết trong khi nới tay với sao.

Sáng hôm sau, mẹ Asuna kể cho Asuna về việc tìm thấy một thanh niên chết trên sông, tay mang khăn quàng của Asuna nhưng cô bé không tin. Tại trường, sau khi giáo viên chủ nhiệm nghỉ để sinh em bé, giáo viên, thầy Morisaki, đến dạy thay và giảng cho cả lớp nghe về miền đất của người chết, Agartha. Bài giảng này thu hút Asuna. Cô bé đến gặp Morisaki hỏi thăm về miền đất và được thầy giáo giảng thêm về Quetzalcoatl, những vị thần canh giữ người chết trước khi con người có thể trưởng thành và không cần đến họ nữa. Hai thầy trò đi xuống lòng đất với hi vọng tìm được những gì mình muốn thấy.

Asuna sau đó đã đi đến hang động bí mật của mình thì thấy một thanh niên khác giống Shun đứng đó. Ngay tức khắc, một toán người có vũ khí tấn công. Chỉ huy của toán lính đó bắt giữ Asuna và sử dụng một mảnh pha lê gọi là clavis (クラヴィス, kuravisu?) để mở cổng. Cậu thanh niên theo Asuna và chỉ huy kia vào cổng. Vị chỉ huy kia hóa ra là thầy Morisaki đi đến đây để mang người vợ quá cố trở về. Cậu thanh niên cũng tiết lộ mình là Shin, em trai của Shun. Sau đó, Shin bỏ hai người lại. Morisaki nói Asuna có thể quay về nhưng cô bé quyết định theo thầy mình trong chuyến đi đến Cánh cổng sinh tử (生死の門, Seishi no Mon?), mang người chết trở lại.

Trên đường đi, Asuna bị một bộ tộc quái vật tên Izoku bắt cóc. Trong khi chạy trốn, Asuna bắt gặp một bé gái tên Mana và cả hai đưa nhau chạy trốn. Shin giúp đỡ họ nhưng bị Izoku đả thương. Sau đó, Morisaki đã tìm ra ba người họ nằm trên một con sông. Mana đã dẫn họ đến ngôi làng của mình, Amaurot.

Cư dân nơi đó ban đầu không hoan nghênh người từ mặt đất xuống (và sau khi họ đi cũng không tỏ thiện chí) nhưng già làng, ông của Mana, đã cho phép họ ở lại. Morisaki và già làng đã bất đồng khi Morisaki tỏ ý muốn đến Cánh cổng sinh tử. Còn khi đó, Asuna thăm nom Shin nhưng bị Shin hét lên vì muốn ở một mình. Cũng trong thời gian này, Asuna gặp lại Mimi.

Sáng hôm sau, Asuna và Morisaki rời làng Amaurot. Shin thức dậy sau và quyết định đuổi theo họ sau khi nghe dân làng đang đuổi giết họ. Shin đến cứu họ và nhân lúc bị phân tán, Morisaki đã mang Asuna lên vùng cao. Khi đến đó, họ đến một vực sâu nhưng Asuna quá sợ trèo xuống nên ở lại. Còn Morisaki tiếp tục đi. Trong khi Shin đang đánh nhau với dân làng và sắp thua, dân làng đã cảm nhận viên pha lê clavis đã đến Cánh cổng sinh tử bèn bỏ Shin lại. Shin, vẫn còn chút sức lực, đã đi khỏi nơi đó.

Asuna, giờ chỉ còn một mình, đi lang thang, hỏi bản thân vì sao cô bé lại đến Agartha và cuối cùng chấp nhận rằng mình đến Agartha vì cảm thấy cô đơn. Asuna lại bị Izoku tấn công và lại được Shin cứu. Asuna và Shin quay lại vách núi rồi nhìn thấy một tàu bay lớn (được coi là Thượng đế) đang hạ cánh. Họ còn gặp một Quetzalcoatl sắp sửa chết. Trước khi chết, Quetzalcoatl hát một bài ca về tất cả những ký ức loài người mà vị thần này hấp thụ (trong đó có cả Shun và Mimi). Đến lúc này, Asuna đã biết âm nhạc mà cô bé nghe thấy đến từ đâu. Quetzalcoatl ngay sau đó nuốt chửng hai người nhưng đã chết không lâu sau và tan biến. Shin và Asuna thoát ra được và rơi ra.

Bên dưới vách núi, cả hai tìm thấy Cánh cổng sinh tử và đi vào. Họ gặp lại Morisaki. Asuna không lâu sau bị linh hồn vợ Morisaki chiếm giữ thân xác. Trong thời gian thân xác bị chiếm giữ, Asuna gặp lại linh hồn của Shun. Shin giận dữ cố hết sức để phá hủy clavis nhưng Morisaki ngăn cản vì không muốn mất vợ lần nữa. Tuy nhiên, Shin đã phá hủy được clavis và hồn Lisa buộc phải thoát khỏi thân xác Asuna. Trước khi biến mất hoàn toàn, Lisa bảo Morisaki hãy đi tìm hạnh phúc mà không có mình. Asuna tỉnh lại sau khi từ biệt Shun trong mơ, nhìn thấy Morisaki suy sụp đến mức van xin Shin giết chết mình nhưng Shin nói ông ta phải sống.

Phim kết thúc khi Asuna quay lại trên mặt đất, còn Shin và Morisaki ở lại.